人乳头瘤病毒（human papillomavirus ，HPV）是一个8000bp左右的双链环状的DNA病毒，可感染人类和部分高等脊椎动物，介导表皮增殖病变，并引起皮肤和粘膜良性增生。HPV基因组编码有8个参与病毒侵染、繁殖复制和包装的功能蛋白，它编码9～10个开放阅读框架。
根据功能不同，HPV DNA基因组可分为3个结构域。早期蛋白编码区（Early Region，ER），晚期蛋白编码区（Late Region，LR），上游调控区（Upstream Regulatory Region，URR）。
早期基因区包含E1、E2、E4、E5、E6、E7编码六个早期蛋白，主要编码和病毒复制、转录、调控和细胞转换有关的蛋白。E1涉及病毒DNA复制，在病毒开始复制中起关键作用；E2是一种反式激活蛋白，涉及病毒DNA转录的反式激活；E3功能尚不清楚；E4与病毒成熟胞浆蛋白有关； E5、E6、E7为原癌基因，行使调控细胞转化的功能。
晚期蛋白编码区包含L1、L2基因，分别编码HPV的主要衣壳和次要衣壳，组装成HPV的衣壳。L1区编码主要衣壳蛋白，是主要的种特异性抗原，具有在真核细胞可自身组装成病毒样颗粒的特性，可使机体免受相应病毒的攻击； L2区编码次要衣壳蛋白，是型特异性抗原，在病毒感染靶细胞的过程中及其感染后的生命周期中都发挥着重要作用。
上游调节区（URR）位于E区和L区之间，包含启动子等调控元件，序列保守性小，参与调控病毒的复制和转录。
HPV病毒可进入皮肤基底层细胞，随宿主细胞的分化程序而进行生命周期循环。尽管它能编码一些必需蛋白来调节其基因复制，但它不含有编码自己DNA聚合酶的基因。
